Тупил некоторое время и получал ошибки о том, что не найдены нужные файлы. Я-то привык к никсовым форматам. Оказалось, что нужно выставить FLEX_HOME путь к SDK в формате windows, т.е. содержимое build.properties превращается примерно вот в это:
FLEX_HOME=c:/cygwin64/home/root/flex46
SRC_DIR=${basedir}/src
LIBS_DIR=${basedir}/lib
DEPLOY_DIR=${basedir}/bin
И как это меня вообще потянуло на windows :) Сам не знаю. В итоге более привычная среда для работы в windows — cygwin, flex sdk, ant, sublime text 2 / phpstorm.
